Οι επισκέπτες του Μουσείου μπορούν να γνωρίσουν -μέσα από επιλεγμένα ευρήματα, πληροφοριακό/εποπτικό υλικό αλλά και τη νέα τεχνολογία- τους σημαντικότερους σταθμούς της ιστορίας του θεσπρωτικού χώρου, με το ενδιαφέρον να εστιάζεται κυρίως στην Ύστερη Ελληνιστική και τη Ρωμαϊκή εποχή, περιόδους από τις οποίες αντλούμε και τα περισσότερα αρχαιολογικά δεδομένα για τη Θεσπρωτία. Σε επιμέρους θεματικές ενότητες παρουσιάζονται οι σημαντικότεροι οικισμοί, αλλά και ενδιαφέρουσες πτυχές του δημόσιου και ιδιωτικού βίου των κατοίκων της περιοχής κατά την αρχαιότητα. Γίνεται αναφορά στους πολιτικούς θεσμούς, στην οικονομική οργάνωση των οικισμών, στα δημόσια κτίρια, στον οπλισμό και τη λατρεία, ενώ ακολουθεί η παρουσίαση όψεων του ιδιωτικού βίου των κατοίκων της αρχαίας Θεσπρωτίας με επιλεγμένες «εικόνες», που αφορούν τα επαγγέλματα και τις ασχολίες, την κατοικία και τη ζωή μέσα στο σπίτι και, τέλος, τον καλλωπισμό και την ένδυση.
Η τελευταία ενότητα της έκθεσης αναπτύσσεται στον όροφο του Μουσείου και πραγματεύεται το ιδιαίτερα ευαίσθητο και συγκινησιακό θέμα του θανάτου, επικεντρώνοντας στη διαχρονική εξέλιξη των ταφικών εθίμων και πρακτικών στο θεσπρωτικό χώρο.
Στόχος της λειτουργίας του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηγουμενίτσας είναι αφενός μεν να προτρέψει τον επισκέπτη να ανακαλύψει και να γνωρίσει σε βάθος το πλούσιο αρχαιολογικό παρελθόν της Θεσπρωτίας, αφετέρου δε να διαδραματίσει ρόλο τροφοδότη, ενημερώνοντάς τον για τους επισκέψιμους αρχαιολογικούς χώρους στα όρια του Νομού.
Ο επισκέπτης με αφετηρία το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηγουμενίτσας, στην έκθεση του οποίου μπορεί να αντλήσει όλες τις απαραίτητες για την επίσκεψη πληροφορίες, μπορεί να συνεχίσει την περιήγησή του στους πέντε οργανωμένους αρχαιολογικούς χώρους του Νομού, την Ελέα, τα Γίτανα, τη Φανοτή-Ντόλιανη, το Δυμόκαστρο και τον Πύργο Ραγίου. Οι παραπάνω χώροι διαθέτουν όλες τις απαραίτητες υποδομές για να υποδεχτούν το κοινό και επιπλέον βρίσκονται σε περιοχές ιδιαίτερου φυσικού κάλλους, μετατρέποντας την ξενάγηση σε μία ευχάριστη πολιτιστική και φυσιολατρική εμπειρία.